本校於民國87年成立「環境教育研究所」，為能廣招各方人才，各大專校院畢業生，具基本自然科學方面的知識或對環境教育有興趣者，皆歡迎報考。
民國89年設立暑期碩士在職專班，提供在職人員再進修管道，並精進其環境教育第二專長領域。
民國99年為順應世界環境潮流與永續發展時代趨勢，轉型為「環境教育及管理研究所」，以學校、社會、企業之環境教育及管理為三大發展領域，課程以環境科學為經，以環境教育為緯，以技術、經濟、社會、教育等觀點進行環境問題分析及策略擬定，藉以釐清學生環境迷思概念，並能採取合理之環境行動策略。
100學年因本校發展政策，「環境教育及管理研究所」併入科學應用與推廣學系(101學年度更名為科學教育與應用學系)，成為「環境教育及管理碩士班」。
本碩士班是目前中部地區國立大學唯一發展環境教育相關領域之研究所，與其他環境管理科系之別，除希望學生能習得環境科學知識，並非常重視教育領域社會科學、人文領域之科際整合，以地域及環教人才需求性而言，本碩士班具有專業師資及專業人才培訓課程，有利學生畢業後發展。
本碩士班專業教師團隊配合國家政策，肩負環境教育推動之使命，扮演協助推動「環境教育法」立法、執法與修法的角色，於民國101年協助本校申請環境教育機構認證通過，成為中部地區主要培訓「環境教育人員認證」及輔導「環境教育設施場所認證」之重要機構。環境教育機構設立以後，本碩士班與產業界的環教夥伴關係鏈更形密切，開拓學生學習專業知能視野及增加就業市場機會。